Uno de los aspectos que distingue la trayectoria de Mario Onaindia de otros políticos de su generación es su labor en el campo de la cultura. En los años que estuvo en prisión (1969-1977) tuvo una intensa dedicación a la lectura y a la traducción. Tras su retorno a España en 1977 y hasta su muerte, compaginó su actividad política con su trabajo en las editoriales LUR y Hordago y en diferentes revistas políticas y culturales. Fruto de ello fue la publicación de 20 libros, 49 contribuciones a libros colectivos, la traducción de 15 obras, más de 200 artículos en revistas y publicaciones no diarias, y casi 400 artículos en publicaciones diarias.
Resulta difícil resumir el contenido de esta extensa obra escrita pero podemos destacar cinco grupos de obras: la traducción de filósofos y literatos al euskera, su obra literaria, su obra académica, sus ensayos de reflexión política a los que hay que añadir su extensa obra en revistas y diarios y sus memorias, que nos ofrecen algunas claves fundamentales para entender su obra y su evolución ideológica, desde el militante en ETA, hacia la militancia política como Secretario General de EE (Euskadiko Ezkerra) y que culminó en la convergencia con el Partido Socialista de Euskadi.